La articulación de instituciones y comunidades ha permitido la protección de zonas estratégicas en el departamento.
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La articulación de instituciones y comunidades ha permitido la protección de zonas estratégicas en el departamento, territorios de gran valor ecosistémico por sus afluentes hídricos dado del caso de la cuenca del río Camarones y otros directos del Caribe.

Esta cuenca presenta singular importancia ya que se constituye en la principal fuente de agua dulce de la laguna costera de Navío Quebrado, cuerpo de agua de alto valor ecológico y que forma parte integral del Santuario de Fauna y Flora Los Flamencos. Además, el río Camarones es considerado un sistema natural de soporte vital y base de actividades productivas y socioculturales de la cuenca.

Bajo el estudio de la Plan de Manejo y Ordenamiento de la Cuenca Camarones realizado por el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, Corpoguajira y otras instituciones, establecieron que la cuenca posee una amplia gama de nichos ecológica.

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Para nadie es un secreto que La Guajira se constituye como un escenario idóneo para la conservación de 150 especies de aves (11 en categoría de amenaza), 87 especies de mamíferos (6 en categoría de amenaza), 27 especies de anfibios, 58 especies de reptiles (7 en categoría de amenaza) y 54 especies de peces (3 en categoría de amenaza).

En el territorio se registran 12 especies de flora necesarias para el desarrollo de la región como: el membrillo (Gustaviasp), el Guayacán de bola (Bulnesiaarborea) ubicadas en la categoría de Peligro (EN) y el Caracolí (Anacardiumexcelsum) ubicada en categoría de Casi amenazada (NT).

Desde la Autoridad Ambiental fomentan la educación ambiental expandiendo conocimientos para la preservación y recuperación de acuíferos indispensables para la sostenibilidad del departamento y sus comunidades asentadas.